Las decisiones arbitrales, correctas o incorrectas, como siempre, fueron un tema de las discusiones; como por ejemplo las tres tarjetas amarillas mostradas al jugador de Croacia Josip Šimunić por el árbitro Graham Poll en el último partido de la fase de grupos ante la selección australiana que acabaría empatado a 2 goles; el mal arbitraje del eslovaco Lubos Michel fue tema de acaloradas discusiones, sobre todo desde el lado albiceleste, en el partido de cuartos de final Alemania contra Argentina. En octavos de final, oferta camiseta futbol Italia (ganadora del torneo) se enfrentó ante Australia. Otro episodio de los muchos controvertidos sucedió en el grupo G; volvió también el tema de la «goal-line technology» en Francia – Corea del Sur, con un gol válido no otorgado a los franceses.